Il concilio di Nicea, tenutosi nel 325, è stato il primo concilio ecumenico del mondo cristiano, secondo la prassi del Concilio di Gerusalemme di età apostolica.

Il concilio fu convocato e presieduto dall'imperatore Costantino 1°, il quale intendeva ristabilire la pace religiosa e costruire l'unità della Chiesa, minata dalle aspre dispute tra cristiani; l'intento era anche politico, dal momento che se tali dispute non fossero state risolte, avrebbero dato un ulteriore impulso centrifugo all'impero, in una fase in cui esso si trovava sulla via della disgregazione. Con queste premesse, in un clima di grande tensione, il concilio ebbe inizio il 20 maggio del 325; i partecipanti provenivano in maggioranza dalla parte orientale dell'Impero. [Da wikipedia]

Fu la fine delle persecuzioni contro i cristiani, ma ben presto cominciarono le persecuzioni nei confronti dei pagani.
Ma come mai i cristiani subirono persecuzioni in un impero dove la libertà religiosa era riconosciuta a tutti?
I motivi non sono molti, li citerò brevemente.

1) I Cristiani non riconobbero mai gli Dei degli "altri", poichè è una religione monoteista, di conseguenza i primi cristiani fanatici, si rifiutavano di partecipare alle feste religiose e di compiere sacrifici in onore di questi Dei.
I sacrifici cerimoniali erano offerte agli Dei. Pochi di questi sacrifici prevedevano l'uccisione di animali.
2) Questo atteggiamento intransigente, spesso ingiurioso verso gli Dei, suonavano come una minaccia alla stessa spravvivenza dell'impero, in quanto gli Dei offesi potevano togliere la loro protazione a Roma, o addirittura adirarsi contro il popolo o venticarsi dei fanatici irrispettosi.
Questo era ritenuto un atteggiamento simile ad atti di terrorismo verso Roma e le nazioni dell'Impero. (*)
3) Anche il fatto che i Cristiani usassero riti ritenuti blasfemi come il rituale sacrificale della messa che simbolizza il nutrirsi del corpo del Cristo (un Dio).
Venivano spesso ritenuti come dei veri cannibali che mangiavano il loro Dio.
4) Le prediche buoniste dei pastori cristiani erano ritenute parole ipocrite, che predicavano amore,  ma fomentavano la diserzione dei soldati addetti alla sicurezza dell'impero
e alla disobbedienza civile dei cristiani (col motto che la Legge di Dio è superiore a quella degli uomini). 

Vi fu la diserzione, ad un certo punto, di un'intera legione: la legione Tebea.

Come leggiamo dalla storia, la causa sarebbe da attribuire al fatto che i soldati dovevano sedare una rivolta...ma tra i rivoltosi vi erano cristiani...
e molti Tebani erano anche loro cristiani.
Se rapportassimo l'episodio ai giorni nostri o alla prima o seconda guerra mondiale,
le stesse punizioni verso i disertori sarebbero state applicate, forse in maniera anche più drastica, ma non vi sarebbero santi sugli altari.
Oppure non si sarebbero fatte guerre tra cristiani....O tra cristiani e musulmani visto che "dovrebbero" avere lo stesso Dio.

http://it.wikipedia.org/wiki/Legione_tebana

Queste sono le principali ragioni che indussero parecchi imperatori  ad avviare delle persecuzioni, contro i cristiani, a volte attivate, altre volte sospese.
Tali persecuzioni non ebbero molto effetto e divennero anche controproducenti, i fanatici cristiani erano convinti di essere premiati in Paradiso se morivano martiri.
Addirittura c'era chi si autodenuciava per il martirio convinti del premio eterno.

Ma dopo Costantino 1° le cose cambieranno piuttosto rapidamente.
Gli imperatori successivi imporranno gradualmente la nuova religione come religione unica,
con leggi sempre più repressive verso i pagani e creando gradualmente una vera tirannia di tipo religioso.
I Gentili (chiamati pagani) erano divisi in tante religioni diverse, ligi verso diversi Dei e non riuscirono più a contrapporsi alle leggi filocristiane.
La setta cristiana aveva una gerarchia ferrea, dei dogmi precisi e quindi una grande forza politica che fu concessa dagli Imperatori successivi a Costantino 1°,
convinti sopratutto che una sola religione potesse rendere più uniti i diversi popoli dell'Impero attorno ad un solo Dio.
Salvo il breve periodo di Giuliano (chiamato l'apostata, ma che in realtà non era un apostata, ma semplicemente l'ultimo imperatore pagano).
Si fa notare che all'avanzata della religione cristiana nell'impero romano corrisponde anche l'avanzare della decadenza stessa dell'impero.
Nella piena decadenza di Roma i monaci cristiani (quasi mai asceti) venivano sovvenzionati dallo stato,
vivevano gratuitamente sulle spalle di chi lavorava e produceva, solo con lo sfascio dell'impero nacque poi l'ordine Benedettino con il motto: "Orat et labora"
Forse il cristianesimo non fu l'unica causa della decadenza, ma di certo la favorì.

(*) Il presagio della caduta dell'Impero romano si verificò come una vera profezia.
Disconosciuti i Numi che proteggevano l'Impero romano, quasi una consequenza (forse veramente tale),
e anche a causa delle atrocità che subirono i pagani, l'Impero cadde sotto il dominio dei re barbari.
Anche il cristianesimo durante la storia, medioevale e moderna, cambiò aspetto, a volte in meglio, altre volte in peggio.
Ricordiamo soltanto le guerre di religione, anticamente inesistenti come tali, dopo l'affermarsi del monoteismo
tante furono le persecuzioni e guerre fra cristiani e fra cristiani e musulmani, anche se adoravano lo stesso Dio.

Segue la cronologia storica delle persecuzioni verso i Gentili nelle pagine successive
Tratte dal testo di Francesco Faraoni "Il Neopaganesimo - Il Risveglio degli Dei"